משך תכנית המחקר והלימודים יהיו ארבע שנים. לקבלת התואר "דוקטור לפילוסופיה" ידרשו התלמידים למלא את התנאים הבאים:

א. קורסים וסמינריונים
במהלך לימודי הדוקטורט יחויב כל תלמיד בלימודי החובה בהיקף של (12 שש"ס). הקורסים ייבחרו מרשימת הקורסים המוצעת ע"י החוג בתאום עם המנחה הישיר ובהתאם לתחום המחקר. כמו כן, על הסטודנט להשתתף בסמינריון החוגי לכול אורך לימודיו, בו מתארחים מרצים מאוניברסיטאות אחרות בארץ ובחו"ל. במקרים מסוימים הסטודנט יוכל ללמוד קורס באוניברסיטה אחרת או קורס מקצועי באישור הוועדה החוגית ללימודי תואר שלישי. תלמיד אשר לא למד קורס כתיבה מדעית או לא פרסם מחקר בכתב עת בינלאומי במהלך אחד מהתארים הקודמים יחויב לקחת את הקורס. במידת הצורך יחויבו התלמידים בלימודי השלמה (מעבר למספר השש"ס הנדרשים להשלמת התואר) שיקבעו על ידי הוועדה החוגית ללימודי תואר שלישי של החוג על פי המלצות המנחה הישיר, זאת על פי תחום המחקר ולימודיהם הקודמים. עפ"י תקנון הלימודים האוניברסיטאי ניתן ללמוד במסגרת התואר השלישי קורסים בהיקף שלא יעלה על 16 שש"ס ולא יותר מארבעה קורסים.

ב. מנחה ונושא מחקר
תלמידים העומדים בקריטריונים לקבלה, ידרשו להתקשר עם מנחה פוטנציאלי (חבר סגל בדרגת מרצה בכיר ומעלה במסלול א' עם קביעות באוניברסיטת חיפה). קבלה לדוקטורט תלויה בהודעה של המנחה על נכונותו להנחות את הסטודנט ולדאוג לצרכי המחקר שלו. כחלק מהצגת המועמדות, על הסטודנט להגיש לוועדה החוגית ללימודי תואר שלישי תקציר של תכנית המחקר (הצהרת כוונות) שיכלול הצגה של שאלת המחקר העיקרית ושל שיטות המחקר העומדות לרשותו לפתרונה כולל רשימת ספרות.

ג. וועדה מלווה
על פי שיקולי המנחה תמונה וועדה מלווה לכל דוקטורנט עם הגשת הצעת המחקר.

ד. תכנית המחקר ואישורה
במהלך השנה הראשונה יהיו התלמידים במעמד של תלמידי מחקר שלב א'. עם הגשת הצעת המחקר ולא יאוחר מסוף שנת הלימודים הראשונה, תמנה הוועדה החוגית ללימודי תואר שלישי את הוועדה המלווה לכל דוקטורנט על בסיס המלצת המנחה.

• במהלך השנה הראשונה הסטודנט צריך להגיש הצעת מחקר מפורטת המכילה סקירת ספרות והקדמה, היפותזת ושאלות מחקר, פרוט שיטות העבודה שיעשה בהם שימוש, תוצאות ראשוניות. הצעת המחקר תלווה בהצגת לוח זמנים. תכנית המחקר תהיה מקורית ובעלת סיכוי סביר לקידום הידע וההבנה בתחום הנחקר.
• הצעת המחקר תיבדק על-ידי הוועדה המלווה , במידה ומונתה  או ע"י קוראים חיצוניים  ותאושר ע"י הוועדה החוגי לתואר שלישי. על הסטודנט להיבחן על הצעת המחקר שלו בפורום המנחים, הועדה המלווה, במידה ומונתה ונציג הוועדה החוגית ללימודי תואר שלישי. לאחר אישור הועדה החוגית יעבור הסטודנט למעמד של תלמידי מחקר שלב ב'.

ה. ביצוע המחקר ודו"ח התקדמות
כל תלמיד לתואר שלישי חייב להגיש לוועדה החוגית ללימודי תואר שלישי דו"ח התקדמות שנתי מאושר על ידי המנחה/ים בראשית כל שנת לימודים. עותק מן הדו"ח יישלח אל הרשות ללימודים מתקדמים ולוועדה המלווה במידה ומונתה.

ו. הגשת עבודת ד"ר לשיפוט
עם סיומו, יסוכם המחקר באחת משתי הדרכים הבאות:
(1) אסופת פרקים בהתאם לתקנון לימודי תואר שלישי
(2) חיבור רגיל. במקרה כזה לא יכלול החיבור יותר ממאה חמישים עמודים (לא כולל נספחים).

כחלק מהדרישות לקבלת דוקטורט, ובמהלך תהליך השיפוט, על הסטודנט להציג את עבודתו בהרצאה בפורום הסמינר החוגי.

ז. שיפוט עבודת הד"ר
לאחר אישור הגשת העבודה לשיפוט ע"י הגורמים המוסמכים לכך, תועבר עבודת הדוקטור לרשות ללימודים מתקדמים להמשך הליך השיפוט בהתאם לתקנון תואר שלישי.