מסלול לימודים זה מיועד לתלמידים מצטיינים, בעלי תואר בוגר בציון של 90 לפחות שיש ברצונם להמשיך ברצף לקראת לימודי דוקטורט ושהחוג רואה בהם מועמדים ללימודי תואר שלישי. המעבר למסלול ישיר לסטודנטים הנמצאים כבר בתוכנית לתואר שני יתבצע בסוף השנה הראשונה של לימודי ה-M.Sc ובתנאי שהתלמיד השלים קורסים בהיקף של 16 שש"ס לפחות וסיים בציון משוקלל של לפחות 90. במקרה זה, הצעת המחקר לתואר שלישי תוגש לא יאוחר מתחילת הסמסטר הרביעי ללימודים.

עם אישור הצעת המחקר ועמידה בכל החובות המפורטות לסטודנט במסלול הרגיל כולל השלמת סה"כ 32 שש"ס ולמידת כל קורסי החובה של החוג, יעבור התלמיד למעמד של דוקטורנט שלב ב' ויחולו עליו חובות הלימוד כמפורט בסעיף א' לעיל (שאר הפרטים בהקשר למסלול זה ניתן לראות בתקנון לימודים מתקדמים).