בבית הספר פועלים שלושה חוגי לימוד: החוג למדעים גאו-ימיים ע"ש שטראוס, החוג לביולוגיה ימית והחוג לטכנולוגיות ימיות ע"ש האטר ותכנית מוסמך באסטרטגיה ימית. כמו כן, ביה"ס פעיל בהוראה בתכנית תואר ראשון לחובלים של ביה"ס למדעי המדינה.

הסביבה  הימית  הפכה  בשנים  האחרונות  לאחד  ממוקדי  העניין  הגלובליים  בשל  חשיבותה בתיווך שינויי האקלים כמו גם בהיבטים המדעיים, היישומיים וההשלכות הסביבתיות עליה.
הים וחופיו הם משאב חיוני להתפתחות מדינות רבות, אך יחד עם זאת הוא משאב מוגבל ובלתי מתחדש. הגידול המתמיד באוכלוסייה מציב לחצים הולכים וגוברים על הסביבה הימית וניצול המשאבים המצויים בה כגון דגה, התפלה, גז טבעי ונפט, מלח ומינרלים אחרים. ניצול משאבים אלו משיק ישירות להיבטים תרבותיים וחברתיים של ציוויליזציות ימיות, בעבר, בהווה ובעתיד. נושאי המחקר בתחום הם רבים וחובקים תחומי ידע מגוונים (בהיבטים פיזיקליים, גאולוגיים, כימיים, ביולוגיים, טכנולוגיים, הנדסיים וחברתיים) אשר משפיעים זה על זה, באופן הדורש גישת מחקר הוליסטית.

בית הספר מתמקד בפעילות מחקרית ואקדמית במזרח הים התיכון, מרצועת החוף ועד למעמקי האגן ומתרכז באזור הכלכלי הישראלי בים התיכון, אשר הולך והופך לאזור המפתח לעתידה של מדינת ישראל (למשל פיתוח מאגרי גז, התפלת מים, איים מלאכותיים וחקלאות ימית).

בית הספר פועל בשיתוף מחקרי ואקדמי הדוק עם המכון לחקר ימים ואגמים לישראל (חיא”ל), עפ”י המודל של רבות מתכניות המחקר הימיות המוצלחות בעולם. שיתוף זה מרחיב את  היכולות  המעשיות  של ביה"ס הנמצאות  בבסיס  פעולתו,  תוך  איגום  משאבי  מחקר  לאומיים  למחקר והוראה תחרותיים ברמה בינלאומית בתחום ייחודי זה. כמו כן, מקיים ביה"ס שיתופי פעולה עם מכונים ומוסדות אקדמיים לאומיים ובינלאומיים ידועים במדעי הים.

בית הספר עובד בשיתוף מחקרי עם גופי מחקר ימיים הפועלים באוניברסיטת חיפה: מרכז חיפה למחקרי מדיניות ואסטרטגיה ימית, מרכז חיפה לחקר ההיסטוריה של הים התיכון, המכון ללימודי ים על שם רקאנטי.

בית הספר נבחר ע"י מדינת ישראל להוביל  את המרכז הישראלי לחקר הים התיכון (MERCI) –  קונסורציום של שבע אוניברסיטאות, שתי מכללות ושני מכוני מחקר ממשלתיים. המרכז מהווה מוקד ארצי לפעילות מחקרית רב-תחומית בשילוב האקדמיה, התעשייה המקומית והקהילה. המרכז משמש בסיס ידע ומוקד בינלאומי בנושא פיתוח ומחקר הים.

מיקום ומתקנים: המיקום המרכזי של מעבדות המחקר ומתקני ההוראה של בית הספר נמצא בקמפוס הכרמל של אוניברסיטת חיפה. אתרי המחקר שלנו כוללים גם שלושה מרכזי מחקר עם נגישות לים התיכון: מעבדות החוג לטכנולוגיות ימיות ע"ש האטר ומרכז הלמסלי לחקר הים התיכון, מתקן המפתח ומפעיל כלי רכב תת-מימיים חדישים, ממוקמים בשקמונה, חיפה.
תחנת מוריס קאהן לחקר הים בשדות ים ומתקן נוסף באשדוד הן תחנות מחקר אקולוגיות ימיות ארוכות טווח המתמקדות במחקר מים על החוף ומעקב ארוך טווח אחר האקולוגיה והמינים של הים התיכון. בית הספר מבצע מחקר גם בשוניות האלמוגים הטרופיות של ים סוף עם מעבדת שדה במכון הבין-אוניברסיטאי למדעי הים באילת.50